對用戶知識要求較高，配置、操作和管理使用較為復雜
　　網絡發展迅速，對入侵檢測系統的處理性能要求越來越高，現有技術難以滿足實際需要
　　高虛警率，用戶處理的負擔重
　　由于警告信息記錄的不完整，許多警告信息可能無法與入侵行為相關聯，難以得到有用的結果
　　在應對對自身的攻擊時，對其他數據的檢測也可能會被抑制或受到影響